장기보유특별공제율 표1 표2 보유기간 계산 1세대1주택 80% 2026년

양도차익 3억원이 같아도 장기보유특별공제로 빠지는 금액은 0원일 수도, 9,000만원일 수도 있습니다. 1세대 1주택이라면 같은 차익의 80%까지 빠집니다. 어느 칸에 들어가는지는 「무엇을 팔았는지」, 「몇 년 가지고 있었는지」, 「직접 몇 년 살았는지」 세 가지로 정해집니다.

이 글은 상가·토지·건물을 팔 예정인 분, 비과세 한도 12억원을 넘는 집 한 채를 파는 분, 주택이 두 채 이상이라 공제를 받을 수 있는지 헷갈리는 분을 위한 것입니다. 결론부터 적으면 일반 자산은 보유 3년부터 6%, 1년마다 2%p씩 올라 15년 이상 30%에서 멈추고, 1세대 1주택은 보유 연 4%와 거주 연 4%를 합쳐 10년이면 80%입니다.

기준일은 2026년 10월 31일입니다. 공제율은 소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) 현행 조문의 표 1·표 2를 원문 이미지로 확인했고, 국세청 장기보유특별공제율 안내와 대조했습니다.

공제는 세액이 아니라 양도차익에서 빠집니다

제95조 제1항은 「양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액」이라고 정합니다. 낼 세금에서 깎아 주는 세액공제가 아니라, 세율을 곱하기 전 단계에서 소득 자체를 줄이는 장치입니다. 그래서 누진세율 구간이 한두 칸 내려가는 효과까지 함께 생깁니다.

양도소득세 계산 순서에서 이 공제가 들어가는 자리는 세 번째입니다.

1. 양도가액 − 취득가액 − 필요경비 = 양도차익
2. 양도차익 × 공제율 = 장기보유특별공제액
3. 양도차익 − 장기보유특별공제액 = 양도소득금액
4. 양도소득금액 − 기본공제 연 250만원 = 과세표준
5. 과세표준 × 세율 − 누진공제 = 산출세액

1단계 양도차익을 구하는 방법과 필요경비 범위는 양도소득세 계산 방법에서 따로 다룹니다. 이 글은 2단계의 공제율에만 집중합니다.

표 1, 보유 3년 6%에서 15년 30%까지 13구간

표 1은 토지·건물 전반에 적용됩니다. 상가, 오피스텔, 공장, 나대지, 농지, 그리고 1세대 1주택이 아닌 주택(중과 대상 제외)이 모두 여기에 들어갑니다. 원조합원이 파는 조합원입주권도 대상인데, 관리처분계획 인가 전 토지·건물분 양도차익에만 적용합니다.

보유기간	공제율	보유기간	공제율
3년 이상 4년 미만	6%	10년 이상 11년 미만	20%
4년 이상 5년 미만	8%	11년 이상 12년 미만	22%
5년 이상 6년 미만	10%	12년 이상 13년 미만	24%
6년 이상 7년 미만	12%	13년 이상 14년 미만	26%
7년 이상 8년 미만	14%	14년 이상 15년 미만	28%
8년 이상 9년 미만	16%	15년 이상	30%
9년 이상 10년 미만	18%	3년 미만	0%

구간은 「이상·미만」으로 끊기므로 2년 11개월은 0%, 3년이 되는 날 6%가 됩니다. 15년을 넘기면 20년을 가지고 있어도 30%에서 더 오르지 않습니다. 국세청 안내에 따르면 비사업용 토지도 2016년 1월 1일 양도분부터 이 표의 공제를 받습니다(세율은 기본세율에 10%p가 더해집니다).

표 2, 1세대 1주택은 보유와 거주를 따로 셉니다

1세대 1주택이면서 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택은 표 2를 씁니다. 보유기간 공제율과 거주기간 공제율을 각각 구해 더하는 구조입니다.

기간	보유기간 공제율	거주기간 공제율
2년 이상 3년 미만	-	8% (보유 3년 이상일 때만)
3년 이상 4년 미만	12%	12%
4년 이상 5년 미만	16%	16%
5년 이상 6년 미만	20%	20%
6년 ~ 9년	24% → 36% (1년에 4%p)	24% → 36%
10년 이상	40%	40%

보유 10년·거주 10년이면 40% + 40% = 80%로 상한입니다. 같은 10년을 표 1로 계산하면 20%이니 공제율이 네 배 차이 납니다. 보유 3년·거주 3년이면 표 2는 24%, 표 1은 6%이고, 보유 5년·거주 5년이면 40% 대 10%, 15년이면 30% 대 80%입니다.

표 2를 쓰려면 소득세법 시행령 제159조의4의 두 조건을 모두 채워야 합니다.

• 양도일 현재 국내 1주택: 일시적 2주택·상속주택 특례 등으로 1세대 1주택으로 보는 경우도 포함됩니다.
• 보유기간 중 거주기간 2년 이상: 거주가 1년 11개월이면 1세대 1주택이어도 표 2가 아니라 표 1로 내려갑니다. 공동상속주택은 거주한 상속인 중 가장 오래 산 사람의 기간으로 봅니다.

12억원 이하 1주택은 애초에 비과세라 공제를 따질 일이 없습니다. 비과세 요건 자체는 1세대 1주택 양도세 비과세 요건에서 확인할 수 있습니다.

보유기간은 언제부터 언제까지 세나요

제95조 제4항은 보유기간을 「취득일부터 양도일까지」로 정합니다. 취득일·양도일은 원칙적으로 대금을 청산한 날(잔금일)이고, 잔금 전에 소유권이전등기를 했다면 등기접수일입니다(소득세법 시행령 제162조 제1항). 계약일로 세면 몇 달이 어긋나 구간 하나를 잘못 잡기 쉽습니다.

취득 방법	보유기간 시작일	근거
매매	잔금일 (잔금 전 등기 시 등기접수일)	시행령 제162조 ①1·2호
상속	상속이 개시된 날(사망일)	시행령 제162조 ①5호
증여	증여를 받은 날	시행령 제162조 ①5호
배우자·직계존비속에게 증여받고 10년 안에 양도(이월과세)	증여한 사람이 취득한 날	법 제95조 ④, 제97조의2 ①
가업상속공제가 적용된 비율분	피상속인이 취득한 날	법 제95조 ④

상속받은 상가는 부모님이 30년을 가지고 있었어도 사망일부터 다시 셉니다. 반대로 배우자에게 증여받은 땅을 10년 안에 팔아 이월과세가 적용되면 취득가액과 함께 보유기간도 증여자 기준으로 돌아갑니다. 이월과세 기간 10년은 제97조의2 현행 조문 기준이며, 등기부상 소유기간으로 셉니다.

공제가 0원이 되는 다섯 가지 경우

제95조 제2항은 괄호 안에서 공제 대상을 먼저 걸러 냅니다. 아래에 해당하면 보유기간이 아무리 길어도 공제액은 0원입니다.

1. 보유 3년 미만: 표 1·표 2 모두 3년부터 시작합니다.
2. 미등기 양도자산(제104조 제3항): 공제가 빠지고 세율 70%에 기본공제 250만원도 없습니다.
3. 다주택 중과 대상 주택(제104조 제7항 각 호): 2026년 5월 10일 이후 양도분부터 조정대상지역 2주택(+20%p)·3주택 이상(+30%p) 중과가 다시 적용되면서 이 공제도 함께 빠집니다.
4. 분양권: 공제 대상 자산 목록에 아예 없습니다.
5. 승계조합원이 산 조합원입주권: 조합원으로부터 취득한 입주권은 제외됩니다.

여기서 자주 생기는 오해가 하나 있습니다. 제104조 제7항은 「주택」을 양도하는 경우의 조항이라 상가·토지는 다주택 중과를 이유로 공제가 배제되지 않습니다. 주택을 세 채 가진 사람이 상가를 팔아도 상가는 표 1을 그대로 받습니다. 비조정지역 다주택자가 주택을 팔 때도 중과 대상이 아니므로 표 1이 적용됩니다. 중과 판정 순서는 양도소득세율 보유기간별·다주택 중과에 정리돼 있습니다.

계산 예시, 상가 12년 보유와 고가주택 10년 보유

아래 두 사례는 공식 계산 순서를 보여 주기 위한 가상 예시입니다. 지방소득세(산출세액의 10%)는 따로 붙습니다.

예시 1. 상가를 12년 보유하고 양도차익 3억원

1. 양도차익 3억원
2. 장기보유특별공제 3억원 × 24%(12년 이상 13년 미만) = 7,200만원
3. 양도소득금액 3억원 − 7,200만원 = 2억 2,800만원
4. 과세표준 2억 2,800만원 − 250만원 = 2억 2,550만원
5. 산출세액 2억 2,550만원 × 38% − 1,994만원 = 6,575만원

같은 상가를 2년 11개월 만에 팔았다면 공제가 0원이라 과세표준 2억 9,750만원, 산출세액 9,311만원입니다. 15년 이상 보유해 30%를 받으면 공제 9,000만원, 산출세액 5,891만원으로 내려갑니다.

예시 2. 1세대 1주택 고가주택, 보유 10년·거주 5년

양도가액 20억원, 취득가액과 필요경비 합계 10억원이라 전체 양도차익이 10억원인 경우입니다.

1. 과세 대상 양도차익 10억원 × (20억원 − 12억원) ÷ 20억원 = 4억원
2. 장기보유특별공제 4억원 × (보유 40% + 거주 20%) = 2억 4,000만원
3. 양도소득금액 4억원 − 2억 4,000만원 = 1억 6,000만원
4. 과세표준 1억 6,000만원 − 250만원 = 1억 5,750만원
5. 산출세액 1억 5,750만원 × 38% − 1,994만원 = 3,991만원

같은 집을 비조정지역에서 취득해 비과세 요건은 갖췄지만 실제 거주가 1년뿐이라면 표 1의 10년 20%만 받습니다. 공제 8,000만원, 과세표준 3억 1,750만원, 산출세액은 3억 1,750만원 × 40% − 2,594만원 = 1억 106만원입니다. 거주 2년 요건 하나로 세금이 약 6,115만원 갈립니다.

어느 표를 따라야 하나요

• 상가·토지·오피스텔(업무용)을 파는 분은 표 1입니다. 주택 수와 관계없습니다.
• 집 한 채(특례 포함)를 12억원 넘게 팔면서 2년 이상 살았던 분은 표 2입니다.
• 1주택이지만 거주가 2년 미만인 분, 비조정지역 주택을 여러 채 가진 분은 표 1입니다.
• 2026년 5월 10일 이후 조정대상지역 주택을 2채 이상 보유한 상태에서 파는 분은 공제가 없습니다.

신고할 때 공제를 넣는 순서와 놓치기 쉬운 곳

장기보유특별공제는 따로 신청하는 제도가 아니라 양도소득세 신고서에 보유기간을 적으면 계산되는 항목입니다. 그래서 신고서의 날짜와 거주 사실이 틀리면 공제가 그대로 틀립니다.

1. 매매계약서, 취득 당시 계약서, 등기사항증명서로 잔금일·등기접수일을 확인합니다.
2. 1세대 1주택 표 2를 쓰려면 주민등록초본으로 전입·전출일을 뽑아 거주기간을 셉니다.
3. 홈택스 「세금신고 → 모의계산 → 양도소득세 자동계산」에 넣어 공제율이 어느 구간으로 잡히는지 봅니다(모의계산이며 확정 세액이 아닙니다).
4. 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 홈택스 「세금신고 → 양도소득세」에서 예정신고하거나 주소지 관할 세무서에 제출합니다. 기한은 국세청 양도소득세 법정 신고기한 기준입니다.

놓치기 쉬운 곳은 세 군데입니다.

• 계약일로 보유기간을 센 경우: 3년 직전이나 구간 경계에서 잔금일 기준으로 다시 세면 한 구간 아래로 떨어지는 경우가 있습니다. 공제를 과다 적용하면 덜 낸 세액에 과소신고가산세 10%가 붙습니다.
• 거주기간을 주민등록 없이 주장한 경우: 표 2의 거주 공제율은 실제 거주가 뒷받침돼야 합니다. 부당한 방법으로 판정되면 가산세가 40%입니다.
• 중과 대상인데 공제를 넣은 경우: 세대원 명의 주택을 빼고 주택 수를 세면 공제와 세율이 동시에 틀립니다. 미납 세액에는 하루 10만분의 22의 납부지연가산세가 더해집니다(국세청 가산세 요약표).

자주 묻는 질문

상가를 2년 11개월 보유했는데 공제를 조금이라도 받을 수 있나요?

받지 못합니다. 표 1은 3년 이상부터 6%로 시작하므로 3년 미만은 0%입니다. 잔금일 기준으로 한 달만 더 보유하면 양도차익의 6%가 빠지니, 매도 일정에 여유가 있다면 3년이 되는 날 이후로 잔금일을 잡는 편이 유리합니다.

1세대 1주택인데 거주는 2년, 보유는 8년이면 공제율이 얼마인가요?

보유 8년 32%에 거주 2년 8%를 더해 40%입니다. 거주 2년 이상 3년 미만 구간 8%는 보유기간이 3년 이상일 때만 인정되는데, 이 경우는 보유 8년이라 조건을 채웁니다.

부모님께 상속받은 상가는 부모님 보유기간을 합칠 수 있나요?

합치지 않습니다. 상속으로 취득한 자산은 상속이 개시된 날부터 셉니다. 상속 후 5년 만에 팔면 표 1의 10%입니다. 다만 가업상속공제가 적용된 자산은 그 비율만큼 피상속인 취득일부터 셉니다.

조정대상지역 2주택자가 상가를 팔면 상가도 공제가 막히나요?

막히지 않습니다. 공제 배제 근거인 제104조 제7항은 주택 조항입니다. 상가를 15년 보유했다면 2주택 여부와 관계없이 30%를 받습니다.

표 2의 80%를 받으면 세금이 거의 없나요?

12억원 초과분만 과세되고 거기서 80%가 빠지므로 크게 줄어드는 것은 맞습니다. 다만 예시 2처럼 차익이 크면 거주 5년(합계 60%)에서도 산출세액이 3,991만원 나옵니다. 공제는 비율이지 금액 상한이 없다는 점만 기억하면 됩니다.

공제율보다 먼저 확인할 것은 날짜 두 개

조문 표 두 장과 시행령 제159조의4·제162조를 나란히 놓고 보니, 공제율 숫자 자체보다 그 숫자를 고르는 날짜에서 실수가 더 많이 생길 구조라고 판단했습니다. 표 1은 1년에 2%p, 표 2는 1년에 4%p씩 움직이고, 경계는 하루 단위로 갈리기 때문입니다. 잔금일과 전입일 두 날짜만 서류로 정확히 잡아도 공제율의 대부분은 자동으로 정해집니다.

또 하나는 표를 고르는 순서입니다. 많은 분이 「몇 년 가지고 있었나」부터 세는데, 실제로는 「이 자산이 중과 대상인가, 미등기인가, 1세대 1주택으로 거주 2년을 채웠나」를 먼저 봐야 합니다. 그 답에 따라 0%, 표 1, 표 2가 갈리고, 연수는 그다음입니다.

매도 시점을 몇 달 조정할 수 있는 상황이라면 다음 구간 진입일을 달력에 표시해 두는 것만으로 수백만에서 수천만원이 달라집니다. 반대로 이월과세, 공동상속주택, 용도변경 주택처럼 기산일이 바뀌는 사례는 조문만으로 판단이 애매하니, 계약 전에 국세상담센터 126이나 세무사에게 본인 서류로 확인받기를 권합니다.